Berdasarkan Permenag Nomor 8 Tahun 2013, LP2M terdiri atas beberapa pusat studi sebagai berikut:
- Pusat Studi Islam dan Sains, Pusat Studi Islam dan Sains mempunyai tugas melaksanakan studi Islam dan sains;
- Pusat Studi Sosial dan Budaya, Pusat Studi Sosial dan Budaya mempunyai tugas melaksanakan studi sosial dan budaya;
- Pusat Studi Gender dan Anak, Pusat Studi Gender dan Anak mempunyai tugas melaksanakan studi gender dan anak;
- Pusat Studi Kerjasama Intemasional, Pusat Studi Kerjasama Intemasional mempunyai tugas melaksanakan studi kerjasama intemasional;
- Pusat Studi Sains dan Teknologi, Pusat Studi Sains dan Teknologi mempunyai tugas melaksanakan studi sains dan teknologi.